Archetype Arcadia ist eine düstere Visual Novel im Sci-Fi-Stil, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der eine mysteriöse Krankheit namens „Erbsünde“ den Großteil der Menschheit ausgelöscht hat. Die Geschichte dreht sich um Rust und seine Schwester, die durch das leere Land ziehen und verzweifelt nach anderen Überlebenden suchen. Alle anderen Menschen sollen der Krankheit zum Opfer gefallen sein, die bei Betroffenen zu Wahnsinn, Sinnestäuschungen und unkontrollierbaren selbstzerstörerischen Trieben führt. Diese Symptome lassen sich nur kontrollieren, wenn man Zeit in einem virtuellen Spiel namens „Archetype Arcadia“ verbringt.
Rust leidet zwar nicht an der Krankheit, aber als seine Schwester eines Tages auf mysteriöse Weise das Bewusstsein verliert, muss er das virtuelle Spiel betreten und sich in dieser unbekannten Welt zurechtfinden, um ein Heilmittel für sie zu finden. Im Spiel erwartet ihn eine ganz neue Welt voller Menschen und Monster – eine Welt, in der ein tragbares Spielgerät es Spielern ermöglicht, mächtige Erinnerungen und dazugehörige Avatare zu nutzen, um sich gegenseitig zu bekämpfen. Diese virtuelle Existenz soll das Fortschreiten der Krankheit verzögern, hat aber auch schwerwiegende Folgen.
Auf der Suche nach einem Heilmittel kämpft sich Rust durch diese seltsame Welt und trifft dabei auf verschiedenste Menschen von unerwarteter Identität und Herkunft, schließt unzertrennliche Freundschaften und muss sich zweifellos auch einigen Gegnern stellen. Die Handlung von „Archetype Arcadia“ entfaltet sich auf wunderschöne und schockierende Weise und nimmt den Spieler mit auf eine Reise voller Geheimnisse, Herzschmerz, Freundschaft und Erlösung.