In RayStorm, das in einem Paralleluniversum zum ursprünglichen RayForce angesiedelt ist, sind die Erde und die Menschheit so weit vorangeschritten, dass sie ihre Weltraumkolonien bis in den Arm des Orion ausgebreitet haben. Um die Sicherheit weiterhin zu gewährleisten, verhängt die Erde das Kriegsrecht, aber eine Föderation von Kolonien welche unter der Führung der Kolonie Secilia steht, stürzt die Regierung der Erde und plant, den Planeten und alle Menschen darauf auszulöschen. Um dem entgegenzuwirken, schickt die Erde ein im Geheimen entwickeltes Kampfflugzeug mit dem Codenamen R-Gray aus, in der Hoffnung, die Atmosphäre von Secilia zu durchdringen und die Operationsbasis von Secilia, das Juda Central System, zu vernichten.
RayCrisis ist in einer Cyberspace-Umgebung angesiedelt und stellt eine stilistische Abweichung vom Rest der Serie dar. Als Vorgeschichte zu RayForce werden die Ereignisse geschildert, bei denen der Supercomputer namens Con-Human ein Bewusstsein erlangte und sich gegen seine menschlichen Schöpfer auflehnte. Während die Erde zerstört wird, um als Con-Humans neue körperliche Form wiederhergestellt zu werden, startet ein Mecha-Neurologe einen verzweifelten Angriff, um in den virtuellen Kern des Supercomputers einzudringen und seinen Wahnsinn zu beenden. Es liegt an dir, die Waverider-Viren zu steuern und die bösartige KI davon abzuhalten, noch mehr Chaos zu verbreiten - auch wenn es zu spät sein könnte, musst du dafür sorgen, dass in der realen Welt keine weiteren Leben verloren gehen, indem du Con-Human in der digitalen Welt aufhältst.
